La historia de Chamanga es más conocida a partir del momento de la llegada de los incas durante la época precolombina. No obstante lo dicho, existen aún muchos espacios vacíos debido a que los registros históricos de esta época eran muy limitados. En 1463, el guerrero inca Pachacuti y su hijo Tupac Yupanqui iniciaron la Conquista de Ecuador, que luego de una fiera resistencia opuesta por las diversas tribus que habitaban el territorio, fue completada por Huayna Capac, el hijo de Tupac Yupanqui a finales del siglo xv.

Los incas reinaron en Ecuador hasta la llegada de Francisco Pizarro y Diego de Almagro, acompañados de un ejército de conquistadores españoles en el año 1532. Durante el período de control inca, las tribus locales asimilaron las prácticas agrícolas y de organización social de los incas, pero mantuvieron sus creencias religiosas tradicionales junto con muchas de sus costumbres. Pero habría de sufrir muchísimo más bajo la égida española de lo que lo hicieron bajo los incas.

Pizarro partió de Panamá a finales de 1531 en la expedición que acabaría en la derrota del Imperio inca y la consecuente dominación española de sus antiguos territorios, incluyendo los que corresponden al actual Ecuador. Inició la campaña con menos de 200 hombres, mientras que su compañero, Almagro, permaneció en Panamá reuniendo más tropas. Luego de su llegada, Pizarro se vio obligado a permanecer varios meses en las costas ecuatorianas y del norte de Perú construyendo una base de operaciones y recolectando joyas y oro para financiar los refuerzos.

Cuando finalmente la expedición de Pizarro llegó a la recién fundada capital inca de Cajamarca, el nuevo emperador inca, Atahualpa Capac, se hallaba descansando en unas aguas termales cercanas, luego de haber ganado en una cruenta guerra civil contra su propio hermano Huáscar Capac. Esta guerra entre los hermanos por el trono dejado por el rey Huayna Capac se suscitó ante la proclama de Huáscar, que su medio hermano Atahualpa, por ser hijo de una esposa menor del rey, era bastardo y por tanto, no merecedor del trono.

Atahualpa regresó de mala gana a Cajamarca acompañado por algunos cientos de sus mejores soldados para ir al encuentro de Pizarro. Al llegar a la plaza central de Cajamarca, en lugar de encontrarse con el conquistador, encontró al pomposo Fray Vicente de Valverde esperándole. Inmediatamente después de que el Emperador inca se negó a aceptar al dios católico y a la corona española, soldados y mercenarios españoles emboscados asesinaron a los soldados incas y tomaron prisionero a Atahualpa, quien meses después fuera ejecutado.

A mediados del año 1534, los españoles ya habían tomado la ciudad de Quito y derrotado a los ejércitos incas, que estaban debilitados por la anterior guerra civil y además, sin líderes. El Imperio inca colapsó rápidamente aunque las selvas orientales y las costeras de Esmeraldas permanecieron sin ser conquistadas hasta finales del siglo xvii. La Conquista del Ecuador por parte de los españoles no podría ser catalogada menos que de brutal; el saqueo, el pillaje y la tortura fueron las armas principales que esgrimieron los conquistadores.

Aunque los incas fueron derrotados, a los españoles les tomó casi dos décadas el poder establecer un sistema estándar de colonización. Luego de transcurrir cierto tiempo las tribus incas derrotadas emigraron hacia esmeraldas, que era uno de los pocos lugares colonizados por los europeos y ciertas zonas de poco apogeo que quedaban en las riberas de los ríos más grandes, y de las costas del océano pacifico, y fue allí como llegaron hasta Chamanga asentando su territorio por más de varios siglos.